El Museo de San Juan Pablo II de Cracovia inició su actividad el 23 de junio de 2013, el día de la consagración de la Iglesia Superior del Santuario de Juan Pablo II de Cracovia en el barrio Białe Morza.
Hasta el 29 de febrero de 2020, su nombre completo era: Museo de la Arquidiócesis de San Juan Pablo II. Entonces era una sección del Museo de la Arquidiócesis del Cardenal Karol Wojtyła de Cracovia.
Por decisión del arzobispo metropolitano de Cracovia Marek Jędraszewski, desde el 1 de marzo de 2020, el cuidado directo de este lugar y de las colecciones encomendadas es realizado por el Centro de Juan Pablo II «¡No tengáis miedo!» de Cracovia.
Actualmente, el Museo, entre otras instituciones de este tipo, destaca por una colección rica y única de recuerdos y objetos relacionados directamente con la persona del Papa polaco. Incluyen, entre otros, artículos de uso personal del Santo Padre y los regalos papales (de personas privadas, pequeños recuerdos o valiosas obras de arte) ofrecidos a Juan Pablo II durante sus 27 años de pontificado, numerosos viajes apostólicos y encuentros con distinguidos invitados.
El Santo Padre entregaba estas colecciones de forma paulatina, principalmente a finales del siglo XX y a principios del XXI. Después de su muerte, el Card. Stanisław Dziwisz (secretario personal del Papa, iniciador de la creación y construcción del Centro de Juan Pablo II de Cracovia) donó una gran parte de la colección actual.
El sitio conmemora creativamente el pensamiento, la enseñanza, la biografía y el legado ampliamente entendido del Papa polaco.
La sede del Museo de San Juan Pablo II se encuentra en la planta baja del edificio «Veritas» (cerca de la entrada principal a la Iglesia Superior del Santuario de San Juan Pablo II), en la siguiente dirección: ul. Totus Tuus 30, 30-610 Cracovia.