Muzeum św. Jana Pawła II w Krakowie jest instytucją działającą w ramach Centrum św. Jana Pawła II w Krakowie.
Misją Muzeum jest zachowanie, upamiętnianie i propagowanie wiedzy o życiu Karola Wojtyły, pontyfikacie Jana Pawła II, Jego nauczaniu, szeroko rozumianej spuściźnie Świętego, która wpisuje się w dorobek kulturowy i intelektualny najwybitniejszych przedstawicieli narodu polskiego oraz autorytetów o randze międzynarodowej.
W działalność Muzeum wpisuje się również promocja wartości i wyborów Papieża – Polaka, którego motto pontyfikatu „Nie lękajcie się!” wzmacniało i dodawało wiernym na całym globie otuchy. Patron Muzeum był przywódcą duchowym, który zmieniał świat, „obalał mury” i „budował mosty” w XX i XXI w.
Działania Muzeum koncentrują się na podejmowaniu szeregu inicjatyw wpisujących się w „myśl papieską”, tj. działań na rzecz budowania wspólnej tożsamości, szacunku do dorobku minionych pokoleń, empatii, budowaniu cywilizacji miłości i pokoju opartej na systemie wartości chrześcijańskich, pielęgnowaniu ludzkiej godności, nauki obcowania z kulturą i pięknem oraz promowaniu tych idei w kolejnych pokoleniach.
Muzeum realizuje wyżej wymienione założenia m.in. poprzez:
- gromadzenie, przechowywanie, zabezpieczanie, prace badawcze, takie jak: opracowywanie, udostępnianie i upowszechnianie powierzonych zasobów, obiektów i pamiątek po Karolu Wojtyle – Janie Pawle II oraz materiałów foto – i/lub audiowizualnych, rękopiśmiennych związanych z życiem i działalnością św. Jana Pawła Wielkiego;
- inicjowanie i organizowanie seminariów, konferencji naukowych oraz warsztatów edukacyjnych w duchu nauki Jana Pawła II;
- przygotowywanie wystaw (stałych i czasowych) z towarzyszącymi im wydawnictwami – katalogami oraz organizowanie przedsięwzięć kulturalnych, popularyzujących dzieło Pontyfikatu Ojca Świętego;
- współpracę z innymi instytucjami (muzeami, instytutami, domami kultury, uczelniami, szkołami, fundacjami itp.), osobami prawnymi i fizycznymi w kraju i za granicą, z mediami – na rzecz pogłębiania wiedzy o spuściźnie św. Jana Pawła II oraz w celu realizacji wspólnych programów i projektów;
Nowoczesne w formie ekspozycje prezentujące obiekty historyczne czy dzieła sztuki są unikatowym, artystycznym świadectwem wiary, twórczej inspiracji dzieła Pontyfikatu oraz Osoby Patrona tego miejsca.