W zbiorach Muzeum św. Jana Pawła II w Krakowie znajdują się następujące kategorie eksponatów:
Przedmioty osobiste, używane przez Ojca Świętego Jana Pawła II:
- eksponaty najcenniejsze, zaliczamy do nich m.in.: sutanny, piuski, ornaty, krzyże pektoralne, pierścienie, różańce;
- meble i elementy wyposażenia wnętrz czy laptop Papieża – sprzęt z lat 90-tych XX wieku;
elementy prywatnego stroju sportowego Jana Pawła II, m.in. kurtki, narty, buty, plecak;
Naczynia liturgiczne i relikwiarze:
- do najważniejszych należą: kielich z pateną z XIV wieku, kielich z 1639 roku, XVIII-wieczna replika kielicha św. Graala z Walencji oraz kielich używany podczas odprawiania Mszy św. przez papieża Piusa XI;
Rzeźby, figurki i inne przedmioty:
- figurki i rzeźby wykonane są z różnych materiałów: na uwagę zasługują te pochodzące z Hiszpanii i Ameryki Łacińskiej, a także wyroby z kości słoniowej – dary krajów afrykańskich;
- przedmioty wykonane ze srebra – pochodzące z całego świata pamiątki, dary papieskie, m.in. talerze, tace, kasetki, szkatułki, lichtarze;
Kolekcje medali, odznaczeń i zbiorów filatelistyczych:
- są to m.in. medale upamiętniające pontyfikat Jana Pawła II, jego podróże apostolskie, jubileusze oraz medale i odznaczenia, które Ojciec Święty otrzymywał np. od Międzynarodowego Komitetu Olimpijskiego i narodowych reprezentacji różnych dziedzin sportu;
- zbiory filatelistyczne (znaczki, kartki pocztowe);
Malarstwo:
głównie portrety Ojca Świętego, a także dzieła inspirowane jego myślą i nauczaniem;
Kategaria nosząca nazwę dary serca:
to szczególna grupa przedmiotów, które wymykają się wszelkiej klasyfikacji, wykonanych najczęściej przez artystów – amatorów, zwykłych ludzi; kategoria pamiątek, ukazujących bogactwo tradycji miejsc, z których pochodzili ofiarodawcy;